年10月2日，郭沫若在重庆《新华日报》发表了《“中医科学化”的拟议》一文，开宗明义即指出：“最近听说有‘中医科学化’的问题提出，我很赞成。然而不化则已，化须彻底。怎样才能够使中医彻底科学化呢？应该先把命题科学化一下。这里包含着郎中大夫的科学化、中国旧医术的科学化、中国药的科学化、中国医业的科学化等等。”“郎中大夫的科学化”，主张先来一个大甄别，凡是未经科学化的医生，无论新旧中西，都要禁止他们营业。如要继续重操旧业，必须重新接受一次科学化的洗礼，用四年时间学习全部的西医课程、临床实习一年后，由国家颁发医师证后方准行医。“中国旧医术的科学化”，认为中医理论与医术无关，可以束之高阁，作为文献来研究。“中国药的科学化”，虽承认“中国药最值得研究”，但由于人体自身具有自然疗能，一些病不治疗也可以自己恢复，加之中药富含维生素，所以中药就显得特别有效，中医大夫有的也就灵验非常。并重弹当时流传的“废医存药”老调，建议收集民间秘方验方验证其疗效后，再研究其有效成分和作用机理。在未经科学化之前，所有一切有*性的药物，应该明令禁止出售服用。“中国医业的科学化”，除了前面所说医师甄别、药物研究、药厂建设外，最要紧医院，医师如中国人不称职，可以聘请外国人担任。最后，郭沫若斩钉截铁地说：“中医和我没缘，我敢说我一直到死决不会麻烦中国郎中的。”
郭沫若对“中医科学化”的议论，理所当然受到了当时中医界人士的批评，其中最让郭沫若“感佩”的是颜公辰和程荣梁。颜公辰读了“郭沫若先生的《‘中医科学化’的拟议》以后，有些不能同意的地方，特地和郭先生来商讨一下。“我既不需要维护中医的弱点，也不需要和西医对立起来争夺中医的地位，更不是和郭先生个人闹意见，我想得到准确的见解来作医学上真理的商讨，并很希望郭先生以外的医学同志也来商讨”。在其撰写的《读〈中医科学化的拟议〉后的商讨》一文中，首先提出“医学是不分中西的”“一部中国的内科学应该中西治疗并列起来”。这是因为“西医治急性病比中医好”“慢性病中医治疗较根本而有效”的缘故。并旗帜鲜明地亮出了自己的“主张：（一）以西医的理论代替中医片断、混杂、粗略、无系统的旧理论。（二）治疗方面尽量采用中药，尽可能的达到‘药物自给’的地步。（三）药物方面应由*府设立专门研究机关（经费要充足），第一步先将应用的中药依植物学的分类来确定它的科属及形态，第二步将常用中药化验分析确定所含的成分，再由动物试验及临床验证确其效用（很可能发现西医所未知的新效用）。（四）成药方面（指丸散膏丹）由*府设立大规模的科学制药厂，先将古今常用的著名的方剂（须先经科学的检定）提精制造，废除旧的制造方法”。这一所谓的“主张”，同“废医存药”者的论调几乎一模一样。
其次，颜公辰列举了用中药苦楝子与阿魏制成的丸剂治愈了好多人的阿米巴痢疾及用《伤寒论》中的抵挡汤加味治好了3位当时西医极难治疗的正伤寒。认识到“中药苦楝子与阿魏制成的丸剂”“不但治阿米巴的确有特效，凡是普通由肠炎引起的赤白痢也能治愈，得这个例子可以知道中药还有许多新效用没有发觉，正待我们去研究”。认为“西医的特效药，只是‘特别有效’而已，可不是‘必效药’。要是真有必效药，那么医药真是走上极顶科学的路上去了”“西医用特效药治好的病，也只是在生理病理的可能条件下方能治愈，若是生理病理上已到了不可能治愈的病，那么特效医也不特效的”“真正要死的病是无效可治的”“西医治正伤寒既无特效药，仅以期待作主要的治疗，可能愈的就自愈，不能愈的就让病势由轻变重，到病势变重的时候，只是用盐水针、强心针去支持一下，结果还是死亡。所以西医治伤寒，往往以三个星期为期，第一星期禁食打葡萄糖针，第二星期看他热度高得如何，太高用药退热，冰罨，大便不通灌肠。第三星期情形如果好转就让它自疗，否则西医就等着病人死去。可是中医治伤寒，只要能检验确是正伤寒菌，第一星期就可以把病势挽回，不必等待第二、第三星期去用药”。他理直气壮地指出：“我为了枉死城里的伤寒*向西医大声疾呼，中医治正伤寒的方法，应该引起全世界极大的注意和研究，不要自私和偏狭，以为国医只能治愈自己会好的病，更不能把病误治。”
再次，针对郭沫若讲的中医治病有效仅仅是“中国药富有维他命”而已的观点，指出：“中药和许多古方，很多有卓效的，倒不一定民间有些神效的秘方。如石膏、青蒿有显著的退热作用，大*、巴豆的通大便，麻*、淡豆豉的发汗，贝母、杏仁、远志、桔梗、百部的祛痰止咳，*芪治衰弱，*参治胃机能衰弱，细辛、川芎、白芷的治头痛，萆薢、车前子的利尿等都有确切的治疗作用……古方中像四逆汤的强心活血，功胜西医的盐水针，白虎汤的退高热兼治神迷谵语等神经受热症状，十灰散能止血，六味地*丸治神经衰弱，都是有卓效，可供临床实验，不可抹煞他的价值。”又针对郭沫若“医不好的病，谁也医不好(如肺痨、癞病)，医得好的病，不医也会好，在这儿于是便没有国医的生命了。国医所能医好的病反正是自己可以好的病，一加上病者有信仰，先得到精神上的安静，二加上国药富于维他命”的论点，批驳说：“这样的话以前西医余云岫先生早说过了，这种对于中医的认识太粗浅了，太庸俗了，难道中医治好的病只是‘信仰’和‘维他命’的效果吗？这是谁都不能相信的。其实郭先生的主观在事实上是不准确的，西医治不好的病，不是中医也一定治不好的，初期和初期二期之间的肺病，中医确能治愈（如陈果夫、西医张公让的肺病，都是中药治愈的。张公让所著《中西医学比观》第一集第三卷有《肺病自疗记》专篇，详述用中医治愈的经过，郭先生不妨研究一下，是不是‘信仰’和‘维他命’的效力所致）。”希望郭沫若“不要不顾事实的主观，妄评中医，抹煞医学真理。我觉得放弃了中医的研究，而只是用不明究竟的态度说："国医治好的病，反正都是自己会好的病。’这是徒然无益的，更不是学者的态度。要批评中医学术，先得自己研究它一个底细，下一番化验和临床的工夫，用科学来验实价值如何，不要偏狭的含混的批评。”
最后，颜公辰“承认中国医药的内容（尤其是理论方面），有的失了时代意义和价值，有的完全不合科学”“但是对于治疗广泛的丰富中药以及古人传下来有些合理的治疗经验，我们正可以利用现代科学方法加以证验，发扬它的真理，正不必一味的奴于欧化，缺少了自创、自新、自立的精神。要知道中国民族存在到现在，在学术方面（尤其是医药）不是一点连根基也没有，不要太没自信和努力的勇气来创造我们的将来”。同时他“认为‘古书今读’真是研究中医和中医科学化的最基本的课题，我的研究中医的重心，在于药物的实验，证实古人的话及其实验的价值，倒不是从古人的话和经验中否定中医药物及古人处方的价值，这是我几年来研究中医的心得”。呼吁“要中医科学化，更需要中西科学同志供献更大的努力，努力！努力！一切为了民族的解放，民族的自新”！
郭沫若于年10月31日作文《复颜公辰》，声明自己“并无偏袒之念，也别无其他私图”。并重申“我对‘中医’无信仰，对于‘中药’认为大有研究价值”。并指出颜公辰文中列举的治愈病例太少，“科学实验必须例数多，方能得出断案。例数要愈多愈好，如仅一二例之治疗经验则断案尚不宜早下”。针对颜公辰提出的“要批评中医学术，先得自己研究它一个底细”，郭沫若表示“承教，有机会自当多多学习，多多研究以期对此问题有所贡献”。
年3月19日，程荣梁在重庆《新华日报》发表了《函郭沫若先生——关于“中医科学化”问题讨论》一文。对郭沫若的见解，“有一些不敢苟同的地方”。特别是“对于中医和中药的估计，也未免有过于轻忽的毛病。我原是一个西医，七年以来，我又热心的研究中药。凭我一点浅薄的学问，很觉这题目有值得一谈的价值”。程荣梁“认为目前西医的疗法，若以与中医相较，实在显得太呆板太少变化一点。宿医治病有如宿将用兵，必不能满意于一定的简单公式。在疗病问题上，科学是一个基本的原则，而如何始可以尽量发扬科学的能力，那便可以说是一种艺术的运用。在这一点上，中医较之西法，恐怕更富于艺术的性质”。并以西医治疗梅*和肺痨的最新疗法为例，“说明中医的自然疗法与综合疗法，实有它应占的地位”。但又指出：“中国的医学，一如中国人的生活，千余年来，所受道家影响特深，这实在也是中国医学的厄运。千余年来，临床家在那种阴阳五行弥满举国上下、无孔不入的烟雾充塞中，一面要实践，一面要思想，一面要前进，一面要适应，怎能怪他们要发出那些饱含着湛深经验而同时又涂绘着一些不相调和的五颜六色的巫神学说呢？”其主张“中医科学化”及反对郭沫若主张的理由是：“科学不过是一种整理经验的方法。它的生命是方法，它的作用是整理，它的材料是经验。不管是中医西医，不管是中药西药，总是以应用的经验开始，而理则是整理继之。所谓科学化，就是经验的理则化。整理的价值，在于它可以提高经验，强化经验而增加其应用的效力。至于经验的本身属于哪一方面，看来还并不重要。一般说来，愈是杂乱的东西，便愈是需要整理。愈是不易整理的东西，其整理所得也愈有价值。这就是我赞成的中医科学化的理由，而同时也是我不赞成先生一重一轻的理由。”最后，程荣梁说：“两年以前，我还不敢公然谈中医的优点，因为怕人家笑。现在我还有一些同道的朋友，不敢谈中医的优点，也因为怕人家笑。凡有一点科学训练的人，都不愿来看一看中医，这也是中国医学的厄运。自然，很多的科学工作者，或因为能力不够，或因为惟恐会浪费时间，他们远远的望见了那么一大堆浩如烟海的中国医籍，他们感觉，简直是望洋兴叹。”
年3月19日，郭沫若又在《新华日报》发表《申述关于中医科学化的问题》一文。改变了以前认为中医只能治“自己会好的病”的观点，说“胡适之先生的糖尿病被*芪治好了，大约是事实”“肾脏病……曹孟君女士曾患此病，服某中医之药而愈；戈宝权先生曾患此病亦服此中医之药而愈”。同时郭沫若也承认，“对于这个问题，我自己要来参加讨论，实在还不够格。我自己虽然学过几年的近代医学，但我并未继续钻研，而且已经抛弃了多年了。至于对中国的旧式医术，我更没有什么独到的研究”。并重申自己的态度：“我对于中医和中药是把它们分开来看。我反对中医的理论，我并不反对中药的研究。所谓中药的研究，在我的意思是要用药学的方法来加以彻底的检讨的。”“我对于负责任、有良心的医师或医学研究者，无论新旧，都是极端尊崇的。我对中药的研究，不仅不曾反对过，而且认为它有极光明的前途。但对于中国旧医术的一切阴阳五行，类似巫神梦呓的理论，却都是极端憎恨、极端反对的。”
从这场争论中，可以看出，郭沫若至少有以下几点进步。首先，他原本认为中药只是草根、树皮、果仁、果壳，有点“维他命”，随后认识到中药确实能治病；其次，他从原本提出不经过西医学习就“一律禁止中医行医”，进步到对那些“或则先精旧术而旁涉新医，或则先专新医而转研旧术”的“学通中西”的医学家们表示了敬意；再次，他从居高临下式地对中医的指责，进步到承认自己学医不精，对中医无独到的研究。但是，郭沫若还是坚持“废医存药”的观点，并“极端反对”阴阳五行理论。年，郭沫若积极响应*的“百花齐放”方针，写了首诗，赞美多种花，《蜀葵花》原稿其中许多花都是中草药，不仅歌咏了她们千姿百态的丽质，而且还涉及了部分药用植物的药性、药效和主治功用等。集为《百花齐放》一书。如《僧鞋菊》一诗云：“学名叫阿科尼同，不要见怪，紫碧色的花朵在秋季盛开。中国的庭园中爱栽培我们，根据花形给了个怪名——僧鞋。我们有*，但我们的用处很大，根可医瘰疬、肿痒、脚气及其他；可以利尿、杀虫，还有麻醉作用。经过辨证统一，*草变成香花。”他还风趣地嘲笑不懂中医的诗人：“今天的诗人很少知道我们，无怪乎他们的眼力有点昏昏，连诗词的好坏也都辨别不清。”
年郭沫若右侧肢体活动不便，影响了日常生活和工作，有人推荐中医研究院特约研究员、著名医学家郑卓人为其医治，郭沫若欣然同意。郑卓人知道郭沫若事务繁忙，没有时间煎服中药，便说：“我从民间搜集到了一个验方，名桑枝酒，经20多年临床验证，医治半身不遂疗效颇佳，可否一试？”郭沫若听后，便请郑卓人处方。郭沫若服用三个月后，果然痊愈。高兴之余，写了一副对联，送给郑卓人，以表示谢意。对联写着：“从民间来到民间去，结什么果种什么田。”此时此刻，他早把当初“一直到死决不会麻烦中国郎中的”誓言，抛到九霄云外去了。