清代药材的种植，有赖于特殊的地理环境。中草药大量生长在山地之中。而河南地区山地面积广大，因此药材资源极为丰富。清代以来，随着农业生产的发展，传统的种植结构被逐渐打破，药材种植，逐渐在农村地区，成为农民一项重要的副业，也是地区重要的经济来源。
清代河南的药材，主要分布在太行山区，以及伏牛山区等沿线州县，其中又以怀庆府河内县、武陟县，彰德府安阳县、武安县，卫辉府的辉县，开封府的禹州以及南阳府的淅川、内乡等地最为著名。怀庆府是清代河南药材种植，最为发达的地区，地土肥美,栽种药材，虽工本较重,而所得资利,十倍五谷，其最著者,地*、山药、牛膝等物,获利更厚。府治河内县，地*（河内者佳）、山药（河内最著）、防风、紫菀、车前子、百合、天门冬、知母、皂角、牛膝、补骨脂、葫芦巴、萆薢、、熊胆、朱胶、硫磺等都有大量的种植。
武陟县的枸杞、茴香、香附、蒺藜、桑白皮、车前子、地*、牛膝、山药、药菊等药材的种植也很发达，以上二县构成了怀庆府中草药种植的主体。除此之外，原武、阳武等地的农民也开始大量种植山药、地*等药材。由于获利较厚，因此怀府鹜利之徒遂舍谷稼而专植他物，武陟较少于河内、温、孟，然亦居十之二三。彰德府的药材种植面积也很大，安阳县绾毂南北，本地又多特产药材故经营药材业者，夙（素）有七行八栈之说。据明代天启《武安县志》记载，武安地区有大量的苍术、菖蒲、车前子、香附子、茵陈、蟾酥、天花粉、五灵脂、细莘、射干、
薄荷、黑牵牛、菟丝子、瓜蒌、旱莲、生地*、何首乌等药材，这些药材由于特殊的山地气候条件，药效纯正、质地优良。清代中期以来，当地民众纷纷扩大药材的种植面积。其当地八大镇中，有六个镇都普遍种植药材。卫辉府的辉县百泉，由于临近太行山区，其地药之属，全虫、山楂、丹参、大*、防风，种类甚多，共有各种中药材千余种，因此在元末明初时期，辉县就成为了著名的北方药市。在禹州药市兴起之前，一直是北方重要的药材基地和交易市场。
开封府禹州地区，处于伏牛山系东部，山丘面积占全境的三分之一。清代前期，当地药材达到数百种之多，其深山大壑,采药者往来不绝，药材种植成为其主要经济结构，白菊、白芨、南星、玉米、防风、荆介、罂粟之属,动连畦陌,与百谷桑麻相掩映。杜仲森森成林紫苏、薄荷、山药、百合、海南参、牛旁子之类,杂植园圃。其余或以花草养。红药当皆点缀风景者,又往往而是也。清代康熙年间，禹州地区开始举办药材大会，并逐渐取代百泉，成为四大药市之一。南阳地区由于境内山地众多，药材种植也很丰富，蔓荆、*精、款冬、天花粉、白菊等，是当地主要种植的药材。淅川县的桔梗，每年收成四、五百斤，金银花，每年收成七、八百斤，专供省内使用；当地柴胡是药材大宗，年收成一、二千斤，是汉口等地柴胡的主要来源。内乡县的马山口镇，山川起伏，森林茂密，中药材每年产量在四、五百万
斤左右。以上地区，是清代药材业种植较为发达的地区，在当地逐渐形成了药材大会、药材庙会等药材市场，实现了生产与流通的结合。
除此之外，其他许多地区物产志内药材的记载也很多，如嵩县多掘药材，洛阳栾川地区农民以种药为辅等等，但都属于副业生产，并未改变当地的主要种植结构和经济结构。与上述地区相比，产量和规模都有所不及。